Se video om kirken. Link på Youtube - klik her

Den nuværende kirke er formodentlig opført efter 1492, da Københavns Universitet fik overdraget indtægterne fra sognet af Kong Hans.

På stedet har formodentlig stået en kalkstenskirke, hvorfra de to karmsten i nordre sideskib samt enkelte kvadre i murværket stammer. Den nuværende bygning er en sengotisk langhuskirke, opført af munkesten med bånd af kridtsten.

I sydmuren ses en spidsbuet portal, som formodentlig har været en præstedør, døren er nu blændet. Tårnet er formodentlig opført samtidig eller kort efter langhuset.
Østgavlen har ni forskelligt afsluttede højblændinger og tre spidsbuede vinduer, som er blændede. Kridtstensbælterne er gennemført til taghøjde mod øst, men bliver mere tilfældigt udført mod vest, hvilket kunne tyde på en pause eller hastværk under byggeriet.

Sakristiet er den ældste udbygning og er bygget sammen med en lille udbygning til en herskabsstol og nedgang til et gravkapel, som Jytte Gyldenstjerne fik opført i begyndelsen af 1600-tallet.

Indtil 1638 havde kirken indgang gennem et våbenhus mod nord. I 1638 blev våbenhuset inddraget og udbygget til et sideskib på foranledning af præsten Rasmus Svendsen, som skrev til Københavns Universitet, at man manglede plads til menigheden. Universitet gav tilladelse til udvidelsen mod, at kirken selv afholdt udgifterne. Det nordre sideskib blev opført 1638-39 og har på nordmuren våbenskjold for Københavns Universitet. Kirken blev hovedistandsat i 1860'erne.

Ved et gavebrev af 24.juni 1492 skænkede Kong Hans kirken til Københavns Universitet. Den tidligere kirke har altså hørt under kronen, hvilket menes at gå tilbage til Valdemar Atterdags tid. I 1530 blev gavebrevet stadfæstet af Frederik I. Efter reformationens gennemførelse blev professoratet nedlagt, og Christian III ændrede fundatsen i 1539 og skænkede indtægterne til ubemidlede studerende ved universitetet.

I 1577 brændte kirkens tagkonstruktion. Da kirken stadig ikke var blevet istandsat i 1591, bestemte Christian IV, at de sjællandske landsbykirker, som kongen havde patronstatus, skulle støtte istandsættelsen. Universitetets ejerforhold blev ophævet af Christian X i 1934, hvorefter kirken overgik til selveje. I 2014 gennemgik Faxe Kirke den helt store renovering. Det kan du læse om i en folder. KLIK HER (åbner i nyt vindue)

Alteret:
Meget iøjnefaldende er alterpartiet, som er skabt af kunstneren Peter Brandes. Han har skabt to smukke glasmosaikker i to tidligere tilmurede vinduer - og med kirkens gamle store kors i midten. Peter Brandes har også lavet et helt nyt smedejernsgitter ved knæfaldet. Motiverne er de 12 apostle.
 

Den gamle altertavle:
Den gamle altertavle, som man finder i sideskibet, er malet i 1717 af Hendrick Krock. Han var Frederik IVs foretrukne dekorationsmaler. På ikke mindre en tre studieophold i Italien (sammenlagt i 11 år) tilegnede han sig renæssancen og barokkens monumentalmaleri. Resultatet af hans flid ses i talrige værker på slottene Rosenborg, Fredensborg og Frederiksberg, Selsø Herregård, Vemmetofte Kloster samt Helligåndskirken i København.

Grevestolen:
Grevestolen er den øverste del af et gravkapel, som fru Jytte Gyldenstjerne til Totterupholm - nu Rosendal - lod opføre efter 1612.

Hun var først gift med Peder Juel til Gjoerslev på Stevns og senere med Christian Grubbe til Lystrup. Da den første ægtefælle var død og gravsat i Køge, ønskede hun at hjemføre ham til sin egen sognekirke og fik tilladelse af universitetet til at opføre gravkapellet.

Det blev nedlagt i 1850erne, hvor de hensatte kister blev gravet ned i en fællesgrav på kirkegården ved tårnets nordside. Adgangen til denne krypt, der var et enkelt rum med tøndehvælv, skete ad en stejl vindeltrappe. Topstykket af egetræ er fra 1772 og bærer familierne Rosenkrantz og Juuls våbenskjolde.